En Ouganda, les activités de DDR ont porté sur le rapatriement et la réintégration des "reporters" ou anciens rebelles et/ou anciennes victimes d'enlèvement de l'Armée de résistance du Seigneur ( Lord's Resistance Army - LRA). Les autres groupes ciblés avaient par le passé appartenu aux Forces démocratiques alliées (ADF), au Front de la rive occidentale du Nil (WNBF), au Force Obote Back/Nineth October Movement (FOBA/NOM), au Front de l'alliance nationale démocratique ougandaise (UDA/F), et aux Mouvement/Armée ougandais de liberté nationale (UNFM/A).

Depuis 2000, le Gouvernement a donné pour mandat à la Commission d'Amnistie d'appuyer la démobilisation et la réintégration des anciens rebelles. De 2004 à 2007, la Commission reçut une subvention de 4,2 millions de dollars US du MDRP . En conséquence, 16 256 personnes ont été démobilisées, et un appui de réinsertion a été fourni à 14 816 ex-combattants.

À la demande du Gouvernement, la Banque mondiale a établi un autre fonds fiduciaire à bailleurs multiples en janvier 2008 pour appuyer un projet de suivi pour la démobilisation et réintégration des combattants rebelles et de leurs collaborateurs (budget: 8,2 millions de dollars US des bailleurs bilatéraux). Le programme, qui a appuyé directement le travail de la Commission d'Amnistie, s'est clôturé en juin 2011.

Le TDRP continue à fournir une assistance technique aux activités de la Commission d'Aministie.